Logická architektura popisuje, co systém dělá, ne na čem běží. Vymezuje domény, moduly, služby a jejich rozhraní a závislosti. Slouží jako most mezi byznysem a technickým návrhem a brání zbytečné vazbě na konkrétní produkt. V eGovernmentu pomáhá sladit agendy, data a procesy napříč rezorty. Umožňuje posuzovat dopady změn a plánovat postupnou modernizaci. Diagramy doplňují textové katalogy schopností a rozhraní. Logická vrstva musí být konzistentní s datovým modelem a bezpečnostními zónami. Přílišná detailnost ubíjí smysl – cílem je orientace a rozhodování.
