Každá datová schránka – ať už patří fyzické osobě, podnikateli nebo orgánu veřejné moci – má svůj vlastní identifikátor. Tento kód se používá při směrování datových zpráv tak, aby byly doručeny správnému adresátovi. Identifikátor není určen k tomu, aby sám o sobě něco prozrazoval o typu nebo vlastnostech subjektu, jde především o technický identifikátor. Při komunikaci mezi systémy je důležité identifikátor datové schránky správně evidovat a aktualizovat. Nesprávný identifikátor může vést k doručení zprávy nesprávnému subjektu nebo k chybě v doručení. Z hlediska ochrany údajů je potřeba rozmyslet, kde všude se identifikátor ukládá a kdo k němu má přístup. Identifikátor se často používá i v integračních scénářích, například při automatizovaném párování doručených zpráv se spisy. V praxi je vhodné zavést kontrolní mechanismy, které minimalizují riziko chybného přiřazení identifikátoru k subjektu.
