Datová zpráva je základní jednotkou komunikace v systému datových schránek. Obsahuje vlastní dokumenty, metainformace o odesílateli a adresátovi a technické údaje o doručení. Systém uchovává záznam o tom, kdy byla zpráva odeslána, dodána do schránky a kdy byla zpřístupněna adresátovi. Tyto časové údaje jsou zásadní pro počítání lhůt v řízeních a pro dokazování doručení. Zpracování datové zprávy v úřadu je obvykle napojeno na elektronickou podatelnu a spisovou službu. Je důležité, aby systémy správně rozpoznaly typ podání a přiřadily jej k odpovídající agendě. Při špatném nastavení integrací hrozí, že některé zprávy zůstanou nezpracované nebo budou chybně zařazeny. V praxi je vhodné pravidelně kontrolovat tok datových zpráv a mít nastavené upozornění na neobvyklé situace, například velké množství odmítnutých zpráv.
