Informační systém není jen software, ale i hardware, datové struktury, dokumentace a lidé, kteří s ním pracují. Ve veřejné správě jsou informační systémy klíčové pro výkon agend, vedení evidencí a komunikaci s občany. Z pohledu bezpečnosti se systém posuzuje jako celek – jak je chráněn, kdo má jaká oprávnění a jak jsou data zálohována. Legislativa často rozlišuje různé typy systémů, například informační systémy veřejné správy nebo systémy kritické infrastruktury. Dobře navržený systém má jasně popsané rozhraní, datový model a očekávané výstupy pro uživatele. Nezvládnuté řízení životního cyklu systému vede k technologickému dluhu a rostoucím nákladům na údržbu. Systémy by měly být navrhovány s ohledem na interoperabilitu, aby dokázaly komunikovat s dalšími částmi architektury. V praxi je důležité průběžně sledovat, zda systém stále plní svůj účel, a případně plánovat jeho konsolidaci nebo náhradu.
