Nařízení eIDAS rozlišuje různé úrovně elektronického podpisu, od prostého po kvalifikovaný elektronický podpis. Kvalifikovaný elektronický podpis má za stanovených podmínek obdobné právní účinky jako vlastnoruční podpis. Ve veřejné správě se elektronické podpisy používají jak na straně občanů, tak na straně úředníků a orgánů. Důležité je správně nastavit, kdy je potřeba jaká úroveň podpisu, aby se nekomplikovaly jednoduché úkony. Technicky se podpis vytváří pomocí certifikátu, který je vydán důvěryhodným poskytovatelem služeb vytvářejících důvěru. Správa certifikátů zahrnuje jejich vydávání, obnovování a revokaci a musí být pečlivě řízena. Špatná implementace kontroly podpisů může vést k tomu, že systém nekorektně přijímá nebo odmítá dokumenty. V praxi je pro uživatele klíčové mít srozumitelné návody a jednoduché nástroje pro podepisování, jinak se elektronickému podpisu budou vyhýbat.
